制作酸奶一般建议使用全脂牛奶，脱脂牛奶或低脂牛奶也可使用但成品口感较稀薄。牛奶的选择主要影响酸奶的浓稠度、风味及营养价值，巴氏杀菌奶和超高温灭菌奶均可使用，但需确保牛奶未经长时间煮沸破坏菌群活性。
制作酸奶时全脂牛奶是最优选择，脂肪含量高的牛奶能形成更浓稠顺滑的质地，乳脂还能赋予酸奶更醇厚的风味。全脂牛奶中的蛋白质和钙质含量较高，有利于乳酸菌发酵过程中形成稳定的凝胶结构。使用前可将牛奶加热至适宜温度，既能灭菌又能使乳清蛋白变性增强凝固效果。
脱脂牛奶或低脂牛奶制作的酸奶质地相对稀薄，可能出现乳清分离现象。这类牛奶因脂肪含量低，发酵后口感偏酸且缺乏绵密感，但适合需要控制脂肪摄入的人群。为改善质地可添加适量奶粉增加蛋白质浓度，或选用保加利亚乳杆菌与嗜热链球菌的复合菌种增强凝固能力。
制作酸奶时无论选择哪种牛奶，均需注意容器消毒和温度控制。发酵完成后冷藏保存可延缓过度酸化，建议搭配新鲜水果或坚果提升营养价值。肠胃敏感者初次食用宜少量尝试，避免空腹饮用以减轻对胃肠黏膜的刺激。
