益生菌通常会被排出体外，但部分菌群可在肠道内定植一段时间。益生菌进入人体后，会经历消化道的迁移过程，最终随粪便排出，部分菌株能暂时附着于肠黏膜发挥调节作用。
益生菌通过口服进入人体后，首先需耐受胃酸和胆汁的侵蚀，存活菌群进入肠道参与微生态平衡。不同菌株在肠道的存活时间存在差异，短则数小时，长则数周。常见的乳杆菌、双歧杆菌等可能黏附于结肠黏膜，抑制有害菌繁殖并促进短链脂肪酸生成，但无法永久定植。肠道蠕动和排泄功能会持续清除未被吸收的菌体，这也是需要定期补充益生菌的原因。
特定条件下益生菌排出速度可能加快。当存在急性胃肠炎、抗生素使用或肠黏膜损伤时，肠道环境变化会加速益生菌的流失。某些耐酸耐胆盐的专利菌株如鼠李糖乳杆菌GG株、布拉氏酵母菌等，能延长在肠道的停留时间。肠易激综合征患者可能出现菌群定植能力下降，需更高频次补充。
日常可通过酸奶、泡菜等发酵食品持续补充益生菌，同时增加膳食纤维摄入为益生菌提供营养。若需调节肠道菌群平衡，建议在医生指导下选择合适菌株的益生菌制剂，并注意避免与抗生素同服。观察排便性状变化可初步判断益生菌作用效果，但具体菌群代谢情况需通过专业检测评估。
