益生菌喝进去后通常不会被完全分解，部分活性菌群可以到达肠道发挥作用。益生菌的存活率受菌种特性、胃酸环境、服用方式等因素影响。
多数益生菌产品采用耐酸包埋技术或特殊菌株，能够抵抗胃酸和胆汁的侵蚀。以双歧杆菌、乳酸菌为例，这类菌株在空腹状态下存活率较低，但若随食物同服或使用肠溶胶囊，可显著提高到达肠道的活菌数量。研究显示，部分耐酸型益生菌在模拟胃液环境下2小时后仍能保持较高活性，进入小肠后开始繁殖并定植于结肠。
少数情况下，当胃酸分泌过多或存在消化道疾病时，益生菌存活率会明显下降。胃溃疡患者胃内pH值可能低于2.5，这种强酸环境会使大部分普通益生菌失活。服用质子泵抑制剂或H2受体拮抗剂的人群，由于胃酸分泌减少，反而有利于益生菌通过胃部。部分特殊处理的冻干粉剂型比液态制剂具有更好的稳定性。
选择标注活菌数超过100亿CFU的益生菌产品，配合40℃以下温水送服，避免与抗生素同服。日常可适量摄入酸奶、泡菜等天然发酵食品，其中的共生菌群更易在肠道定植。若存在慢性胃肠疾病，建议在医生指导下选择特定医用益生菌制剂。
