月经两天消失、小腹痛做检查发现有卵巢囊肿，可能是生理因素导致的，也有可能是病理因素引起的。患者需要根据病因进行针对性治疗。
一、生理性因素
如果女性在来月经期间，子宫内膜脱落比较快，在此过程中可能会出现轻微的小腹部疼痛症状，这属于正常的生理现象，并不需要特殊处理。一般随着经期结束，不适的症状会逐渐缓解。
二、病理性因素
1.炎症感染：如果个人卫生不注意或者存在阴道炎等妇科疾病，容易受到细菌或真菌感染，从而诱发附件炎、盆腔炎等妇科炎症性疾病。由于炎症刺激会导致局部充血水肿，所以会引起上述情况发生。如果是细菌性感染，可以在医生指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物治疗。如果是真菌感染，则可以遵医嘱使用伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等药物治疗。
2.黄体囊肿：黄体囊肿是指排卵后形成的充满液体的泡状物，通常会在月经结束后自行消退。但如果囊肿持续增大，就会引起下腹部坠胀感以及隐痛等症状。对于体积较小的黄体囊肿，一般无需特殊治疗，定期复查即可。但对于体积较大的黄体囊肿，则可以通过手术切除的方式进行治疗。
除此之外，还有可能与巧克力囊肿有关。建议患者及时到医院完善相关检查，明确具体原因后再对症治疗。
