亚健康作为一种偏离健康的生理状态，其表现以主观感受为主，伴随各种本能行为障碍或自主神经功能紊乱等症状，客观体征极少或没有，症状可单一出现，也可以交替或合并出现。主要表现为以下几个方面：
1.疲劳感在亚健康状态的临床表现中，疲劳是最常见的主诉症状之一。在生活中有些疲劳，如劳动或运动后所感到的不适，若适当休息就会恢复正常，这种疲劳则属于生理性疲劳。疲劳可分为：
身体疲劳：即经常疲劳休息了也得不到缓解。疲劳的表现也是多种多样，如身体乏力懒言、经常打哈欠、老有睡不够的感觉、不愿意活动、肢体酸沉等。
脑性疲劳：多发生于知识分子和管理阶层，常表现为头晕乏力，注意力不易集中或记忆力下降，写文章总出错，或提笔忘字，或情绪低落，甚至性格改变。
心理性疲劳：平时总觉得特别“累心”，主要是精神疲劳，常伴有烦躁不安、易怒、失眠、精力不集中、情绪不良，甚至抑郁等，但多不伴有体能的低下。
病理性疲劳：病理性疲劳的特点是如果一个人稍做活动就感到很疲劳，这种疲劳就可能属于各种疾病的潜伏期或前病态，造成这种疲劳的原因很多，主要的有缺氧、低血糖、体液丢失、电解质不平衡、维生素缺乏、蛋白质缺乏、神经系统功能失常和肌肉本身的病变等，亦常见于某些慢性病如肺结核、贫血、病毒性肝炎、糖尿病、甲状腺功能亢进等等。这种疲劳的特点是多伴有体能的下降，经过休息后亦不易恢复，常伴有其他疾病的症状。
综合性疲劳：这种疲劳由于综合了上述疲劳的成因，因而其临床表现复杂，与人们不合理的生活方式有关，如生活节律、饮食的结构、运动的不足或不当等等。
2.睡眠障碍睡眠障碍包括失眠或嗜睡，特别是失眠，是亚健康状态最常见的主诉之一。失眠是指持续一段时间夜晚入睡困难，或入睡后易醒且醒后难以入睡，或即使入睡后仍乱梦纷纭等，或者入睡后第二天早上过早地醒来再难入睡等。嗜睡则是指经常困乏欲眠，睡眠时间多却总是困倦、昏昏欲睡，甚至阵发性睡眠。
3.食欲不振没胃口，吃什么都不香，或者根本就不想吃，有时可能伴有食后胃脘或腹胀。
4.疼痛主要包括头痛和肩背痛。头痛一般分为普通型和偏头痛。普通型表现较为多样，如前额痛、两侧颞部、枕后部、巅顶部或者全头痛等。偏头痛多部位固定，或左或右，并多局限于头部一侧，往往在紧张、焦虑或生活节律发生变化时发作，这与头部的血管舒缩功能失调及神经兴奋性失调等因素有关，尤其是紧张或持续从事头部体位不适的工作而诱发。
亚健康状态的肩背痛是指非颈椎病、肩周炎等器质性疾病造成的疼痛。主要表现是从后脖颈到肩胛以上背部为主的疼痛、酸沉、僵硬不适的感觉，常发生于教师、编辑及有关计算机工作的人员，还有学生和司机。由于他们的工作总是相对固定的姿势，背部的肌肉极易产生疲劳，加之精神高度紧张，心理上又易厌倦机械和单调的工作，几种因素联合作用，久而久之就逐渐进入亚健康状态。
5.肥胖肥胖分为病理性肥胖和单纯性肥胖。病理性肥胖指机体因疾病所引发的肥胖，特别是内分泌紊乱疾病，如皮质醇增多症，或因某些疾病服用激素所致的肥胖等等。单纯性肥胖并非由于疾病引起，但其发生率却很高。主要因饮食不当、运动不足、情志失调或持续的压力过大，以及家族遗传等因素所导致。可见形体肥胖，伴有动则气短、乏力，或伴有眩晕、胸闷，心悸健忘等征候，甚至还可合并临界高血压状态、糖耐量减低等情况，甚至可能引发代谢综合征、高血压病或糖尿病等多种疾病。
6.性功能障碍亚健康状态的性功能障碍是指非器质性病变引起的性功能异常，主要指性生活的不和谐或性功能的下降。最常见的表现就是患者伴随着一段时间的疲劳或紧张后，而出现的性功能不同程度的障碍：轻者性欲仅略有减退，或性生活后感觉疲劳，重者性欲明显减退、甚至毫无性欲，男性出现阳痿、早泄、射精困难等;女性则可见性淡漠、阴冷、性恐惧等。
除了上述症状以外，亚健康的其他一些常见症状还有：健忘、烦躁不安、抑郁或消沉、头晕心悸气短、大小便异常、免疫功能下降等。
