刚开始小便不会疼，尿到后面会疼可能是由于尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等原因引起的。建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。
1.尿道炎：如果平时不注意个人卫生，导致细菌感染尿道，可能会引起尿道炎。炎症刺激会导致尿道黏膜充血、水肿，从而出现上述症状。患者可以在医生的指导下服用盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行抗感染治疗。同时，患者也可以遵医嘱使用高锰酸钾溶液清洗尿道部位缓解不适症状。
2.膀胱炎：如果平时饮水量过少，可能会导致膀胱内存在大量细菌，从而诱发膀胱炎。炎症刺激会导致膀胱黏膜受损，从而出现上述症状。患者可以遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢呋辛酯片等药物进行抗感染治疗。同时，患者也可以多喝水促进排尿，有利于身体恢复。
3.前列腺炎：如果男性患有前列腺炎，炎症刺激会导致前列腺黏膜受损，从而出现上述症状。患者可以遵医嘱服用盐酸坦索罗辛缓释胶囊、非那雄胺片等药物进行治疗。同时，患者也可以通过按摩的方式促进局部血液循环缓解不适症状。
除此之外，还可能与肾盂肾炎有关。如果患者出现其他不适症状或病情加重时，建议及时就医治疗。
