吃了黄连药丸肚子消化不良可能是因为药物刺激、饮食不当、脾胃虚寒、胃肠炎导致，建议患者及时前往医院中医消化科就诊，通过望、闻、问、切等检查，在医生的指导下进行治疗。
1、药物刺激：黄连药丸中含有大黄，大黄药性寒，具有泻下攻积、清热泻火的功效，患者在服用后可能会出现腹泻等不良反应，建议患者在医生的指导下停药或者减少药量。
2、饮食不当：如果患者在用药期间，经常进食生冷、油腻的食物，如冰淇淋、肥肉、炸鸡等，可能会出现消化不良的情况，表现为腹痛、腹泻等。建议患者多吃一些容易消化的食物，比如小米粥、山药粥等。
3、脾胃虚寒：因为黄连药丸属于清热的药物，如果患者本身存在脾胃虚寒的情况，可能会导致胃肠道不适的情况发生，建议患者在医生的指导下更换药物，避免病情加重。
4、胃肠炎：如果患者在服用药物期间受到病原体感染，或者进食雪糕、辣椒等生冷、辛辣的食物，可能会引起胃肠炎，出现腹痛、腹泻等症状。患者可在医生的指导下服用健胃消食片、肠炎宁片等药物进行治疗。
另外，还可能是因为肠功能紊乱引起，建议患者在药物治疗期间，避免进食辛辣、油腻的食物，如辣椒、肥肉等，以免影响药效。
