喝蜂蜜水并无绝对禁忌，但糖尿病患者、一岁以下婴儿、胃肠功能较弱者、果糖不耐受人群及肥胖人士需谨慎或避免饮用。
蜂蜜中含有大量的葡萄糖和果糖，进入人体后会迅速被吸收并转化为血糖。对于患有糖尿病的人群而言，摄入蜂蜜水可能导致血糖水平急剧波动，不利于病情的稳定控制。这类人群若必须食用，应在医生严格指导下极少量尝试，并密切监测血糖变化，通常建议直接避免饮用以防引发高血糖风险。
一周岁以下的婴儿消化系统发育尚不完全，肠道内正常菌群尚未建立稳固的防御机制。蜂蜜中可能含有肉毒杆菌孢子，成人食用通常无害，但婴儿食用后孢子可能在肠道内繁殖并产生毒素，导致婴儿肉毒中毒，出现便秘、吮吸无力、呼吸困难等严重症状。因此，家长须严禁给一岁以下婴儿喂食蜂蜜或蜂蜜水。
部分人群胃肠黏膜较为敏感或患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病。蜂蜜水具有一定的酸性且渗透压较高，空腹大量饮用可能刺激胃酸分泌过多，引起反酸、烧心或胃部疼痛等不适感。此类人群建议在饭后适量饮用，避免空腹摄入，以免加重胃肠负担，导致原有消化道症状加剧或诱发急性胃痛。
存在果糖吸收不良或遗传性果糖不耐受的人群，其体内缺乏分解果糖所需的酶或转运蛋白。饮用蜂蜜水后，未被吸收的果糖会在肠道内积聚，引起渗透性腹泻、腹胀、腹痛以及恶心呕吐等消化系统反应。这类人群一旦误食可能出现严重的代谢紊乱，应严格识别自身状况，避免摄入含蜂蜜的任何食品以防止身体不适。
蜂蜜属于高热量食物，主要成分为糖类，过量饮用会导致能量摄入超标。对于正在控制体重或患有肥胖症的人群，长期大量饮用蜂蜜水容易使多余糖分转化为脂肪堆积在体内，从而引起体重增加，加重代谢综合征风险。此类人群若需补充水分，建议选择白开水或淡茶水，如需调味也应严格控制蜂蜜的添加量。
日常饮用蜂蜜水应注意水温不宜超过六十摄氏度，以免破坏其中的活性酶和维生素，降低营养价值。建议将其作为日常饮食的辅助部分而非主要来源，保持适量原则，避免长期单一大量摄入。同时要注意口腔卫生，饮用后及时漱口以防糖分残留腐蚀牙齿。若饮用后出现皮疹、呼吸急促等过敏反应，应立即停止食用并前往医院就诊，由专业医生评估是否适合继续摄入该类食物。
