治疗结膜炎和干眼症的药物较多，需根据病因进行选择，如细菌性结膜炎、病毒性结膜炎、过敏性结膜炎、衣原体性结膜炎等均可导致结膜炎的症状，而不同原因导致的结膜炎和干眼症，治疗药物也有所不同。
1、细菌性结膜炎：可选用氨基糖苷类，如阿米卡星、妥布霉素、奈替米星，或喹诺酮类药物，如氧氟沙星、左氧氟沙星，以及大环内酯类药物，如红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。除此之外，也可应用广谱抗生素进行治疗，如青霉素、头孢曲松钠等;
2、病毒性结膜炎：可选用更昔洛韦、阿昔洛韦等药物进行治疗;
3、过敏性结膜炎：需应用抗组胺药物，如西替利嗪、氯雷他定等，同时配合使用含有麻黄素类成分的滴眼液，如复方阿托品滴眼液，以缓解眼部过敏症状。也可应用非甾体消炎药滴眼液滴眼，如双氯芬酸钠滴眼液等;
4、衣原体性结膜炎：通常需应用抗衣原体药物，如利福平、依那西普眼用凝胶等;
5、自身免疫性结膜炎：可应用人工泪液稀释过敏原，同时应用地塞米松磷酸钠滴眼液等糖皮质激素药物进行治疗。
除此之外，对于结膜炎干眼症患者，还可应用促进泪液分泌的药物，如毛果芸香碱等，或环孢素A等免疫抑制剂进行治疗。中医认为由于结膜炎干眼症多由于过劳、肝阴不足所致，所以可应用明目清肝汤、银翘散等方剂进行治疗。
