阴茎完全缺失多合并尿道畸形，治疗相当困难，过往施行阴茎成形术效果不好。最好切除睾丸，作尿道阴道成形术，青春期后以雌激素维持女性性征。
双阴茎可平行排列或前后排列。尿道上裂和下裂后者多见，前者少见，可影响勃起功能。先天性阴茎扭转阴茎扭转时，尿道口方向改变。少数人可有勃起时的隐痛等症状。本症还轻易合并异常勃起。阴茎过大或过小罕见。过大时可作整形术截短。过小的病因复杂，需针对病因适当处理。潜伏阴茎因发育短小，而被会阴、阴囊、耻骨等处的脂肪所掩盖，随着发育过程中脂肪减少，阴茎才暴露出来。可通过整形手术把阴茎“解放”出来，就能恢复正常了。包茎可占男孩的25％以上，但成年人包茎明显少于青少年。可分为生理性包茎、假性包茎、真性包茎和嵌顿包茎。假如包皮与龟头粘连，或包皮有横向走行的血管，或包茎严重而从不翻起清洗的话，都可能限制龟头的发育，甚至出现包皮垢与尿中沉淀物、细菌等构成的硬疙瘩。阴茎异常可分为以下几种：
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