男性生殖器官起三个小疙瘩，可能是毛囊炎、尖锐湿疣、阴茎珍珠状丘疹等疾病引起的。建议患者及时就医检查，明确病因后进行针对性治疗。
1.毛囊炎：毛囊炎通常是由于细菌感染引起的，会导致局部出现红色丘疹，并且还会伴有瘙痒以及疼痛等症状。可以遵医嘱外用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物进行治疗，能够起到抗感染的作用，从而促进恢复。
2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是人乳头瘤病毒感染引起的，会导致局部出现赘生物，而且还会伴有瘙痒以及疼痛等症状。可以遵医嘱外用水杨酸软膏、咪喹莫特乳膏等药物进行治疗，如果病情比较严重，也可以通过激光手术的方式进行治疗。
3.阴茎珍珠状丘疹：阴茎珍珠状丘疹可能与包皮过长有关，也有可能是不注意个人卫生导致的，会导致局部出现白色的小颗粒，并且还会伴有瘙痒的症状。可以遵医嘱涂抹阿昔洛韦乳膏、喷昔洛韦乳膏等药物进行治疗，能够起到抗病毒的作用。
除此之外，还有可能是龟头炎、生殖器疱疹等原因引起的。在日常生活中要注意个人卫生，勤换内裤。
