在同房时，有的男性射精时会出现阴茎、尿道、会阴、阴囊上方等处阵发性疼痛，这种疼痛称射精疼痛，大多为生殖器官的器质性病变所致，主要有以下几种原因。
1、性生活过频：过频的性生活，常会引起输精管、精囊及尿道器官产生无菌性炎症，致使这些器官充血水肿。射精时，由于平滑肌收缩，而刺激这些充血的器官，引起疼痛。
2、结石：男性尿道结石是常见疾病，当小的结石嵌在后尿道，尤其嵌在射精管的开品部位，射精时这些部位收缩和蠕动，挤压结石而产生疼痛。如前列腺或精囊有结石，射精时这些部位收缩也会产生疼痛。
3、生殖器官炎症：男性下尿路感染是导致射精疼痛最常见的原因。患有膀胱炎、尿道炎、前列腺炎，射精时，这些器官的肌肉发生节律性收缩，对炎症病灶是一种机械刺激，以致引起剧烈疼痛。有的患者还会发生疼痛性遗精。
4、肿瘤：男性泌尿生殖器官的恶性肿瘤，大多会引起射精疼痛。如睾丸、附睾、前列腺等处发生肿瘤时，压迫或阻塞射精管道，射精时会发生疼痛。不过，其疼痛性质较为缓和，多是隐痛和酸痛。精囊，输精管等处发生肿瘤的机会固然未几，但病变的进展多为隐匿性。因此，这种疼痛应引起重视。
5、其他疾病：患有阴茎硬结症的人，房事时阴茎勃起会疼痛，射精时加重。患尿道狭窄的人，精液排出不畅，尿道企图强行挤出精液，也会引起疼痛。男性泌尿系结核，尿道息肉等亦会造成射精疼痛。
出现射精疼痛，首先要查找原因，假如夫妻分居后第一次性交，或性交次数减少后，射精疼痛减轻或停止，则是因性交过频引起的，则要减少性交次数，恢复一段时间，以保持性器官的充分休息，即可消除射精疼痛。因男性性交动作强烈甚至粗暴引起的射精疼痛则要减轻阴茎在阴道中提插动作的幅度和强度。
因包茎引起的可作包茎环切术。若因前列腺炎引起的可作直肠指诊，能触及肿大的前列腺，或取前列腺液检查即可确诊。若因精囊炎引起的，可有血精症。若因尿道炎引起的，尿检查可发现脓细胞，这是因生殖器或尿道感染所引起的射精疼痛，均可使用抗生素消炎治疗，或用青霉素80万单位肌肉注射，逐日2次，或庆大霉素9万单位肌肉注射，逐日2次，或局部超短波治疗，或服中药知柏地黄九，八正散，导赤散等。
若查找不出上述原因，则应作X线拍片，以排除尿道结石，阴茎或其它生殖器官肿瘤的可能，此时最好请泌尿外科医生诊治。
