甲流即甲型流感，甲型流感是否影响精子畸形率，需要根据病情的严重程度进行判断。如果患者病情较轻，一般不会影响精子畸形率，但如果患者病情较重，则可能会对精子畸形率造成影响。
1、不会影响：甲型流感通常是由于感染甲型流感病毒所引起的一种急性呼吸道传染病，属于一种传染性疾病，具有一定的潜伏期，在潜伏期内通常没有明显的症状表现。如果患者在发病初期及时发现，并且积极配合医生服用抗病毒药物治疗，如磷酸奥司他韦胶囊等，可以使疾病得到控制，此时并不会对精子质量造成影响；
2、会影响：但如果患者没有及时发现或没有积极配合医生进行治疗，导致病情持续加重，使身体出现高热不退、咳嗽咳痰等症状时，则可能会对精子质量造成影响。因为当人体体温升高时，会导致睾丸功能下降，从而影响到精子的质量。另外，若患者长期处于高温环境中，也可能会导致精子畸形率增加。
,建议患者平时做好个人防护措施，避免去人多密集的地方。同时还要注意饮食清淡，可以适当吃新鲜的水果和蔬菜，比如苹果、香蕉、菠菜等。
