阴茎上长了两个黑斑，可能是色素沉着、黑色素瘤、尖锐湿疣等疾病引起的。建议患者及时就医，明确病因后进行针对性治疗。
1.色素沉着：如果长期处于高温环境或受到紫外线照射，可能会导致局部皮肤出现色素沉着的情况，从而引起上述症状。如果没有伴随其他不适症状，一般不需要特殊治疗。但是要注意防晒，出门时可以涂抹防晒霜或者穿防晒衣。
2.黑色素瘤：如果家族中有黑色素瘤的患者，则其后代患该疾病的概率会增加。如果患有该疾病，则会导致局部皮肤出现黑色素沉着的情况，并伴有瘙痒、疼痛等症状。此时患者可以在医生的指导下使用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏等药物进行治疗。必要时，还可以通过手术切除病灶的方式进行治疗。
3.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，会使局部皮肤出现单个或多个小颗粒，并伴有瘙痒、疼痛等症状。此时患者可以在医生的指导下使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏等药物进行治疗。必要时，也可以通过激光治疗等方式进行处理。
除此之外，还有可能是外伤、毛囊炎等原因引起的。若还伴有其他不适症状，应及时前往医院就诊治疗。
