阴茎上长了两个小疙瘩，可能是由于尖锐湿疣、生殖器疱疹、阴茎珍珠状丘疹等原因导致的。建议患者及时就医，明确病因后进行针对性治疗。
1.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，主要表现为外生殖器及肛门周围皮肤黏膜赘生物，可呈菜花状、鸡冠状等形态。患者可在医生指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗。必要时还可通过激光、冷冻等方式进行物理治疗。
2.生殖器疱疹：生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染泌尿生殖器及肛门周围皮肤黏膜而引起的一种慢性、复发性疾病，主要表现为生殖器部位出现水疱、溃疡等症状。患者可在医生指导下服用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等抗病毒药物进行治疗。同时，患者还应注意个人卫生，勤换内裤，避免不洁性生活。
3.阴茎珍珠状丘疹：阴茎珍珠状丘疹是指发生在阴茎冠状沟边缘以及环绕龟头的淡红色丘疹，一般没有自觉症状，也不会对身体造成影响。如果患者没有不适症状，则不需要特殊治疗。但如果觉得影响美观或有心理负担，则可以到医院就诊，在医生指导下使用激光、冷冻等方式进行治疗。
除此之外，还有可能是皮脂腺异位症、梅毒等原因导致的。如果患者出现其他不适症状或病情加重，应及时前往医院就诊治疗。
