畸形精子三个月是否能消失，需要根据引起畸形精子的原因进行判断。如果畸形精子是由于不良生活习惯、环境因素等非疾病因素导致的，通常在三个月左右会逐渐恢复。但如果是由精索静脉曲张、睾丸炎、附睾炎等疾病因素引起的，则可能不会消失。
一、会消失：
1、不良生活习惯：如果男性长期吸烟、酗酒，或者经常熬夜，可能会导致体内雄激素水平下降，从而影响精子质量，出现畸形精子的情况。此时经过调理后，在三个月左右可恢复正常；
2、环境因素：如果男性长时间处于高温环境中，或经常接触有毒有害物质，如铅、汞等重金属元素，也可能会导致精子畸形率升高。此时及时远离高温环境以及有毒有害物质后，在三个月左右也可恢复正常。
二、不会消失：
1、精索静脉曲张：如果男性存在精索静脉曲张的情况，会导致睾丸局部温度升高，使生精能力受到抑制，并且还会对睾丸内血液循环造成影响，导致睾丸内产生大量毒性代谢产物，从而影响到精子的质量。一般情况下需要通过手术的方式进行治疗，所以三个月可能不会消失；
2、睾丸炎：如果男性患有睾丸炎，炎症会对睾丸造成刺激，使睾丸内的生精细胞受损，并且还会导致体内的雄激素分泌减少，也会对精子质量造成影响。患者可以在医生指导下服用盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行治疗；
3、附睾炎：附睾炎属于临床上比较常见的一种生殖系统感染性疾病，会导致附睾部位出现肿胀以及疼痛的现象，并且还会伴有发热的症状。当附睾部位出现炎症反应时会影响生精功能，导致精子质量下降。患者可以遵医嘱服用阿莫西林胶囊、青霉素V钾片等药物进行治疗。
建议男性平时养成良好的生活习惯，避免过度劳累以及熬夜。同时还需要注意饮食清淡，避免食用辛辣刺激性食物。
