再生障碍性贫血病理现象主要表现为以下几个方面：
骨髓增生低下
这是由于全身红骨髓总量减少而代之以脂肪组织引起的。如造血细胞相对容积在9％以下为增生极度低下，在10％～24％之间为增生低下，在25％～36％之间为增生活跃，在37％以上为明显活跃。再障患者血象三系均减少，而脂肪细胞增多，严重或急性病例的骨髓几乎完全变成蜡黄色的脂肪髓。在造血细胞进行性减少的过程中，骨髓可出现灶性增生。
骨髓组织减少在急性型病例表现为迅速而广泛，多波及长骨、扁平骨及短骨；而在慢性型病例则表现为“向心性”渐进发展过程，即先髂骨而后脊柱及胸骨。
血浆渗出
再障患者骨髓内有血浆渗出，呈现浆液性炎症，结果导致骨髓实质疏松，造血细胞间有纤维蛋白的血浆成分，致使造血细胞核浓缩、溶解和破裂。
骨髓出血多见于脂肪化的骨髓间质中。
淋巴细胞、浆细胞、网状细胞都增生，特别容易在增生极度低下的骨髓中见到。
红细胞无效性生成和溶血
慢性再障骨髓代偿性增生部分，可能就是无效性红细胞生成。部分患者的红细胞生存时间缩短，说明有溶血。
淋巴组织萎缩
再障患者的全身淋巴组织包括脾脏、全身淋巴结、扁桃体及肠粘膜下淋巴滤泡均有不同程度的萎缩。脾脏缩小。但长期多次输血也可因含铁血黄素沉着而使脾、肝肿大。
