畸形性吞咽困难的临床表现较为典型，一般不需要进行特殊的鉴别诊断。但部分患者可能会出现误吸、呛咳等并发症时，则需要与其他疾病相鉴别。
一、无需鉴别诊断的情况
畸形性吞咽困难是指由于先天或后天因素导致食管发育异常，从而引起的一种症状，其主要表现为进食固体食物时，会出现明显的哽噎感和呕吐等症状。该病属于一种先天性疾病，并不属于其他疾病的范畴，因此在临床上通常不需要与任何疾病进行鉴别诊断。
二、需鉴别诊断的情况
1.误吸：如果患者的病情比较严重，而且出现了严重的恶心、呕吐等情况，甚至还会伴随着呼吸急促的症状，此时则需要及时到医院进行检查并治疗，以免延误病情；
2.呛咳：如果患者的病情相对比较轻微，只是单纯地出现吞咽困难的现象，没有伴随其他的不适症状，可以适当吃一些流质的食物或者是半流质的食物，比如小米粥、南瓜粥等，能够补充身体所需要的营养物质，也可以促进胃肠道蠕动，在一定程度上也能够缓解症状。
还若患者本身存在消化不良、慢性胃炎等疾病，也会出现类似的症状，建议及时就医完善相关检查来明确病因。平时要注意合理饮食，尽量以清淡易消化的食物为主，避免大量饮水以及食用辛辣刺激性的食物，否则会加重对咽喉部位的刺激，影响恢复。
