手术弊多利少
由于外科手术治疗对人体具有较大的创伤，因此不能成为前列腺炎治疗的常规方法。只有对那些长期采用常规治疗手段不能或难以控制，而临床症状又十分严重的慢性前列腺炎患者，尤其是同时合并前列腺结石、前列腺脓肿、严重影响排尿的梗阻型前列腺增生、前列腺癌或可能转变成前列腺肿瘤、严重的前列腺结核、严重的前列腺疼痛等患者，在万不得已的情况下才考虑进行外科手术治疗。
这是因为：①绝大多数慢性前列腺炎患者经过积极有效的非手术治疗，都能够获得比较满意的效果。②手术治疗可能给患者带来比较严重的后果，例如性功能和生殖功能的部分或完全丧失等。③由于长期的炎症刺激，前列腺与周围组织容易发生粘连，术中容易出血且不容易摘除干净，手术时还容易损伤领近组织器官而引起并发症。④最重要的是手术并不能解决所有患者的问题，很多手术治疗后的患者，临床症状依然存在。
术后麻烦不断
一些患者在手术切除具有炎症的前列腺后，例如经尿道电切前列腺切除术后，前列腺周围仍然有含有大量感染灶和结石。由于病原体可能仍然在前列腺区域存在或由于手术导致扩散，使手术切除前列腺后也不能完全消除患者的症状，患者仍然可有尿频、尿急、尿痛、夜尿、会阴部不适或疼痛，甚至出现畏寒、发热等慢性前列腺炎或急性前列腺炎样的症状，所以手术治疗有时也很难达到完全彻底治愈的目的。显然，手术适应证的选择就要更加慎重。
