阴茎上有水泡刺痛感，然后做了检查可能是生殖器疱疹、尖锐湿疣、龟头炎等原因引起的，建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。
1.生殖器疱疹：生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染泌尿生殖器及肛门周围皮肤黏膜而引起的一种慢性、复发性、难治愈的疾病。患者一般会出现局部瘙痒、疼痛等症状，同时还会伴有水泡、红斑等现象。如果病情比较严重，还会出现糜烂的情况。患者可以在医生的指导下服用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等药物进行抗病毒治疗。同时，患者也可以遵医嘱涂抹阿昔洛韦乳膏、喷昔洛韦乳膏等药物进行辅助治疗。
2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的常见性传播疾病，主要表现为生殖器周围的丘疹、角化型斑块、乳头样或菜花样赘生物等。如果患者的症状比较轻微，可以遵医嘱使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗。如果患者的症状比较严重，则需要通过激光手术的方式进行治疗。
3.龟头炎：龟头炎是指龟头部由于外伤、刺激或感染等因素引起的炎症反应，患者可出现局部红肿、糜烂以及溃疡等症状。如果患者的症状比较轻微，可以遵医嘱使用克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等药物进行治疗。如果患者的症状比较严重，则需要通过包皮环切术等方式进行手术治疗。
除此之外，还有可能是梅毒导致的上述情况，建议患者及时就医治疗。
