导致小儿发生缺铁性贫血的原因很多，但主要的原因是：
1.先天储铁不足胎儿从母体中获得的铁以妊娠最后三个月为最多，故早产、双胎或多胎、胎儿失血和孕母严重缺铁等均可使胎儿储铁减少，导致其出生后发生缺铁性贫血。
2.铁的摄入不足这是导致小儿缺铁性贫血最主要的原因。人乳、牛乳和谷物中的含铁量非常低，因此如不及时给婴幼儿添加含铁较多的辅食，就容易引起缺铁性贫血。
3.小儿对铁的需求量大婴儿生长发育较快，婴儿5个月和1岁时的体重分别是其出生时的2倍和3倍。随着婴儿体重的增加，其血溶量和血液中的血红蛋白也要大大增加，这就需要更多的铁。有关资料显示：婴幼儿每增加1公斤体重，就需要增加铁质35～45毫克。此时，如果不及时给婴幼儿添加含铁丰富的食物，就易导致缺铁性贫血的发生。
4.铁吸收障碍食物搭配不合理可影响小儿对铁的吸收。小儿经常腹泻不仅会影响对铁的吸收，还会增加铁的排泄。
5.铁的丢失过多肠息肉、美克尔憩室、钩虫病、膈疝等疾病可导致小儿慢性失血，引起其铁的流失过多，从而可导致缺铁性贫血的发生。另外，用不经加热的鲜牛奶喂养婴儿，也可导致婴儿对牛奶过敏而发生肠出血，引起铁的流失。
