肛门长了个小肉芽，HPV阴性可能是尖锐湿疣、痔疮、肛周脓肿等原因引起的，需要根据不同的原因进行针对性治疗。
1.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，如果患者不注意个人卫生，可能会导致病毒侵入体内。在疾病早期，患者会出现肛门周围有小肉芽的情况，随着病情的发展，还会出现疼痛、瘙痒等症状。建议患者可以在医生的指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗。必要时，患者也可以通过激光治疗、液氮冷冻等方式进行物理治疗。
2.痔疮：痔疮是直肠末端黏膜下及肛管皮肤下静脉丛扩张屈曲所形成的柔软静脉团，常由不良的饮食习惯和排便习惯引起。临床上一般会表现为肛门处有小肉芽，并伴有疼痛、出血等症状。建议患者可以遵医嘱使用复方角菜酸酯栓、马应龙麝香痔疮膏等药物进行治疗。必要时，患者也可以通过手术的方式进行治疗。
3.肛周脓肿：肛周脓肿是指直肠肛管组织内或其周围间隙发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。临床上一般会表现为肛门处有小肉芽，并伴有红肿、疼痛等症状。建议患者可以遵医嘱使用甲硝唑片、阿莫西林胶囊等药物进行抗感染治疗。必要时，患者也可以通过手术切开引流的方式进行治疗。
除此之外，还有可能是外痔、肛瘘等原因引起的。如果患者出现不适症状，建议及时就医治疗。
