精子畸形率高，应该先到医院进行精液常规、精子畸形率、精子DNA等相关检查。根据检查结果明确引起精子畸形症的原因后，再进行针对性治疗。
一、一般治疗：
如果是不良的生活习惯，如抽烟、喝酒、熬夜、环境污染导致，则应该改善不良的生活习惯，合理饮食，避免熬夜，同时远离有毒、有害的环境。
二、药物治疗：
1、抗感染药物：如果是泌尿生殖系统感染，如附睾炎、前列腺炎等引起的精子畸形症，可以使用抗生素进行抗炎治疗，如左氧氟沙星、阿奇霉素等;
2、改善精子质量药物：如果精子畸形率过高，或者存在弱精、少精、无精子症等情况，可以使用改善精子质量的药物，如麒麟丸、五子衍宗丸等;
3、激素类药物：如糖皮质激素、睾酮等，可提高体内睾酮水平，有利于维持正常的精子功能;
4、其他药物：如氯米芬等，可促使垂体产生促性腺激素，可用于治疗性功能障碍的患者。还可以使用中成药物，如复方玄驹胶囊、还少胶囊等，具有补肾、温肾、益精的功效。
三、手术治疗：
如果是严重的精子畸形症，如严重的少精症、弱精症患者，或者畸形率达到4%以上时，可以通过手术治疗。比如精索静脉曲张的患者，可以进行精索静脉结扎术，以及经腹腔镜精索静脉结扎术等。
四、辅助生殖技术：
对于精子畸形率高的患者，可以考虑进行体外受精-胚胎移植技术，该治疗方法针对轻度精子畸形率高的患者。
