蛋鸭衣原体感染一般是指衣原体感染，衣原体感染包括肺炎衣原体感染、沙眼衣原体感染、鹦鹉热衣原体感染、牛衣原体感染。其治疗方法主要包括抗生素治疗、抗衣原体感染治疗、抗病毒治疗等。
1、抗生素治疗：常用药物有四环素片、盐酸多西环素片、红霉素肠溶胶囊、罗红霉素片、克拉霉素片等，通常对于衣原体感染效果较好。但由于衣原体感染容易出现耐药性，建议根据药敏试验结果及时更换抗生素，有利于促进疾病恢复;
2、抗病毒治疗：如常用阿昔洛韦片、利巴韦林颗粒等，通常可以起到抑制病毒合成的作用，有利于促进疾病恢复;
3、抗生素治疗：如盐酸多西环素片、罗红霉素片等，可以在抑制衣原体繁殖的同时，还能够促进炎症消退，有利于缩短疾病的病程。但需要注意部分人群可能对此类药物过敏，使用后可能会出现过敏反应，所以需要在医生指导下使用;
4、抗病毒治疗：如注射用炎琥宁等，对肺炎衣原体、沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体等均有一定疗效，可缩短病程，加速康复。
另外，衣原体感染还可通过接种疫苗预防。由于沙眼衣原体感染几乎全部发生于成人，儿童不易感知，建议儿童进行接种。对于鹦鹉热衣原体感染引起的鹦鹉热，患者的预防性疫苗为四环素片或盐酸多西环素片。
