畸形精子症怀孕了是否会流产，需要根据引起畸形精子症的原因、畸形精子数量以及孕妇自身情况等因素进行综合判断。如果畸形精子数量较少，且孕妇身体素质较好，则可能不会出现流产的情况。但如果畸形精子数量较多，或孕妇身体素质较差，则可能会出现流产的情况。
1、不会流产：若男性患有泌尿生殖系统感染性疾病，如附睾炎、前列腺炎等疾病时，可导致精液中存在大量细菌，从而影响精子质量，造成畸形精子增多的现象。此时建议患者及时就医，在医生指导下使用头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊等药物进行抗感染治疗。同时，患者在日常生活中也要注意个人卫生，勤换洗内裤，并避免不洁性生活。一般经过积极治疗后，可以有效改善病情，此时怀孕后通常不会发生流产；
2、会流产：如果男性长期吸烟酗酒，或长期处于高温环境工作，则可能会导致精子质量下降，从而引起畸形精子增多的现象。由于此时精子质量较差，所以即使与卵子结合形成受精卵后，也可能会影响胚胎发育，导致胚胎停育而发生流产。因此建议此类人群在备孕前戒烟戒酒，并避免长期处于高温环境中工作。
在日常生活中建议患者注意饮食均衡摄入营养物质，适当进食富含蛋白质的食物，如鸡蛋、牛奶等。同时还要注意多休息，保证充足的睡眠时间，避免过度劳累。
