精子畸形率高但怀孕了，此时需要进行密切观察，如果没有不适症状，通常可以继续妊娠。如果出现其他不适，如阴道流血、腹痛等，则需要及时就医，根据具体情况进行保胎治疗或终止妊娠。
一、继续观察：
1、密切观察：精子畸形率高，但仍然怀孕的情况下，只要产检结果无异常，通常可以继续妊娠;
2、注意休息：检查精子畸形率高，但仍然怀孕的情况下，孕妇需要注意休息，避免过于劳累，避免熬夜等，以免影响胎儿的生长发育;
3、定期孕检：在怀孕早期需要按时进行孕检，有利于观察胎儿的生长发育情况以及排除畸形可能。一般孕6周左右行B超检查，以明确是否为宫内孕，有无胎心、胎芽。在孕11周左右行NT检查，排除胎儿染色体异常可能。如果是高畸形率的精子，建议遵医嘱进行唐氏筛查，以明确胎儿是否存在染色体异常的可能。
二、终止妊娠：
1、药物流产：如果检查发现胎儿存在严重染色体异常的情况，或者孕妇存在肝肾功能不全等疾病，则可能需要终止妊娠;
2、人工流产：如果检查发现精子畸形率高，但仍然怀孕的情况下，孕妇可以在医生的指导下进行人工流产手术。
精子畸形率高但怀孕了的情况下，需要进一步检查来明确是否可以继续妊娠。而在日常生活中，还需要避免接触化学放射性物质，以及放射性的工作环境等，以免对胎儿造成影响。
