运动完半夜被肌肉疼醒多考虑是锻炼过度引起的，但也不排除是营养不良、机体缺钙、软组织损伤、骨质疏松等原因导致的，建议确诊后在医生的指导下治疗。
1、锻炼过度：可能是运动量过大、没有得到充分的休息导致的，通常肌肉中会出现大量乳酸堆积，并伴有疼痛、乏力等症状，建议在医生的指导下注意休息，适当运动，同时通过按摩、热敷等方式缓解。
2、营养不良：饮食不当、肠吸收障碍通常会导致营养不良，在锻炼后无法满足机体所需要的营养，患者通常会出现肌肉酸痛、身体消瘦等症状，建议在平时要健康饮食，保证营养均衡，必要时遵医嘱服用维生素及微量元素。
3、机体缺钙：摄入不足或钙吸收障碍，通常会导致血液中钙元素缺乏，在临床上可能会出现身体无力、精神萎靡等症状，建议在医生的指导下服用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙D3颗粒等药物治疗。
4、软组织损伤：突然剧烈活动，如果没有做好前期热身工作，可能会导致肌肉在活动时出现拉伤。患者通常会出现疼痛、肿胀等症状，建议在医生的指导下，通过冷敷、热敷等理疗的方式缓解，同时遵医嘱服用三七片、布洛芬缓释胶囊等药物治疗。
5、骨质疏松：营养不足、运动不足通常会导致骨细胞和骨基质流失，通常会伴随骨量降低骨组织微结构受到破坏，患者在临床上可能会出现骨痛、活动异常等症状，建议在医生的指导下服用维生素AD软胶囊、乳酸钙颗粒等药物治疗。
在平时要做好日常的护理，密切关注自身的情况，定期去医院复查，如有其他的症状，还需要积极检查并治疗，以免影响身体健康。
