怀孕三个月时出现胚胎停止发育的情况，可能是由于染色体异常、药物因素、环境因素等非病理性原因导致的。也有可能是母体感染、内分泌失调、免疫功能低下等病理性的原因引起的。
一、非病理性原因
1.染色体异常：如果夫妻双方有一方或双方存在染色体异常的情况，则可能会引起胎儿染色体异常，从而出现上述情况。
2.药物因素：如果孕妇在孕期服用了一些对胎儿有影响的药物，如抗肿瘤药、抗癫痫药等，也会增加胎儿畸形的风险，甚至会导致胎儿停止发育。
3.环境因素：如果孕妇长期处于有毒有害的环境中，如甲醛、铅、汞等物质含量较高的地方，会对胎儿造成不良的影响，也可能导致这种情况发生。
二、病理性原因
1.母体感染：如果孕妇在妊娠期间出现了病毒感染或者是细菌感染等情况，可能会影响胎儿的生长和发育，从而导致胚胎停止发育。
2.内分泌失调：如果女性在怀孕后体内激素水平发生变化，雌激素分泌减少，就会使子宫内膜失去正常的生理功能，进而影响受精卵着床，导致胚胎停止发育。
3.免疫功能低下：如果孕妇本身患有系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等疾病，就容易导致机体免疫力下降，在这种情况下，会增加流产或者胚胎停止发育的风险。
除此之外，还可能存在其他的原因，比如宫腔粘连、黄体功能不全等。建议患者及时到正规医院进行相关检查，并积极配合医生治疗，以免延误病情。
