检查精子畸形率的费用一般在几百元到几千元不等，具体费用需要根据检查精子畸形率的方法来决定，临床上比较常用的方法是精液常规检查、精子穿透率检测、精子DNA碎片率检测等。
1、精液常规检查：精液常规检查一般是对精液进行生理参数检查，主要包括精液量、精子液化情况、精子浓度、精子畸形率、活动率等，精液常规检查费用一般在几百元到几千元不等;
2、精子穿透率检测：精子穿透率检测是通过显微注射光学显微镜来进行检查，观察精子内细胞的具体形态，同时评估其在各种生物学参数下的表现，精子穿透率检测费用一般在几千元到一万元不等;
3、精子DNA碎片率检测：精子DNA碎片率检测是通过显微镜观察精子内细胞形态的一种方法，可以判断精子质量，对于判断精子畸形率有一定的作用，精子DNA碎片率检测费用一般在一千元到三千元不等;
4、其他：比如精液培养检查，是指采用专门的采精装置将精液放入盛器中进行连续性采集，并将其运送到实验室进行检测，检查其是否有异常，此项检查费用一般在几百元到一千元不等。
检查精子畸形率的费用会受到所检查医院、检验设备、医院水平以及所在地区等因素的影响，具体费用建议前往当地正规医院或公立医疗机构进行咨询。
