卵巢囊肿不都需要手术。多数生理性囊肿或无症状的良性囊肿可以定期观察，只有符合特定指征的囊肿才建议手术治疗。卵巢囊肿的处理方式主要有定期随访观察、药物治疗、超声引导下穿刺、腹腔镜手术、开腹手术等。
对于直径较小、囊壁光滑、内部为无回声区的单纯性囊肿，尤其是育龄期女性在月经周期中出现的生理性囊肿，如卵泡囊肿、黄体囊肿，通常可以自行消退，建议定期复查超声观察变化。绝经前女性的功能性囊肿，若无症状且肿瘤标志物正常，一般每3-6个月复查一次即可。
当囊肿持续存在或体积增大，直径超过5厘米时，医生可能会建议药物治疗，常用药物包括屈螺酮炔雌醇片、地屈孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等，通过调节激素水平抑制囊肿生长，但药物无法使所有囊肿完全消失，需在医生指导下使用。
若囊肿出现以下情况，则建议手术治疗：囊肿直径超过10厘米、囊肿内部出现实性成分或乳头状突起、囊壁增厚不规则、囊肿生长速度较快、肿瘤标志物明显升高、囊肿引起持续腹痛或压迫症状、绝经后新出现的囊肿、怀疑卵巢囊肿蒂扭转或破裂时。手术方式首选腹腔镜卵巢囊肿剥除术，创伤小恢复快；对于怀疑恶性或囊肿巨大者，可能需要开腹手术，必要时行附件切除术。
确诊卵巢囊肿后，建议每3-6个月复查一次妇科超声，日常保持规律作息，避免剧烈运动以防囊肿扭转，饮食上适量增加蔬菜水果摄入，如西蓝花、菠菜、苹果等，减少高脂高糖食物，保持情绪平稳，若出现突发下腹剧痛、恶心呕吐等症状需立即就医。
