有些疾病不能做胃镜检查，如脊柱畸形、神志不清楚、精神病、肺心病、哮喘、血压过高，以及医生认为不适合做胃镜的病人。
胃镜检查是利用一条直径约一公分的黑色塑胶包裹导光纤维的细长管子，前端装有内视镜由嘴中伸入受检者的食道→胃→十二指肠，藉由光源器所发出之强光，经由导光纤维可使光转弯，让医师从另一端清楚地观察上消化道内各部位的健康状况。必要时，可由胃镜上的小洞伸入夹子做切片检查。全程检查时间约10分钟，若做切片检查，则需20至30分钟。
普通胃镜检查，是需要下管的，利用一条直径约一公分的黑色塑胶包裹导光纤维的细长管子，前端装有内视镜由嘴中伸入受检者的食道→胃→十二指肠，而对患者胃黏膜的病变进行检查，这种检查方式，常常会让患者感到很痛苦。
麻醉采取局部麻醉，只限于咽喉及食管上端。在用上述药前，向医生讲明您的药物过敏史，即过去对什么药物过敏。
局部麻醉是将2%地卡因或2%赛罗卡因喷雾，病人张口发“阿”声，这时软腭和舌腭弓上移，舌根下移，使舌后、咽喉、软腭喷了药，先后3次。每次喷后，病人将剩在口腔的药咽下，以麻醉咽下部。也有采用糊剂，含在口内仰头使药物在咽喉部停留自然流入食管，起局部麻醉作用。另外还要喝去泡剂2～3毫升。
病人与医生要合作，检查前病人先去小便排空膀胱，进入检查室后，松开领口及裤带，取下假牙及眼镜，取左侧卧位，或根据需要改用其他体位。入镜后，不能用牙齿咬镜，以防咬破镜身的塑管。身体及头部不能转动，以防损坏镜子并伤害内脏。如有不适情况，病人忍耐一段时间，实在不能忍受，可用手势向施术者示意，以便采取必要措施。
检查完毕病人坐起，并吐出唾液，由于检查时注入一些空气，虽然在退镜时已吸出，但有的人仍有腹胀感，嗳气很多。因为麻醉作用未消失，过早吃东西容易使食物进入气管故检查后1小时，待咽部麻醉药作用消失后再试吃流质食物。在1～4天内，病人可能感到咽部不适或疼痛，但无碍于饮食，大多数人可照常工作，病情较多者可予休息，驾驶员当日不能单独驾驶。做胃镜检查最好有家属陪同，检查结束后护送回家。
