慢性淋病的诊断主要依据是实验室检测，包括直接涂片镜检、培养法和核酸检测。如果患者有不洁性生活史，并出现尿急、尿痛等典型临床症状，则可初步判断为淋菌感染所致，但此时无法确诊是否患有慢性淋病。
若要明确诊断，需进行相关实验室检查，通常情况下上述三种方法所得到的结果较为准确，但如果在做相应检查时操作不当或未按照规定流程进行操作，则会影响检查结果的准确性。
1.直接涂片镜检：取男性双侧睾丸附睾分泌物或女性宫颈管分泌物于载玻片上，在显微镜下观察发现大量革兰氏阴性双球菌则可以做出细菌性阴道病的快速诊断，但是由于淋球菌容易被溶胞素破坏，因此一般不推荐使用该方法对慢性淋病进行诊断。
2.培养法：将待测标本接种于特制的培养基中，在35-36℃条件下培养48小时后肉眼可见到灰白色圆形菌落即可作出淋菌培养鉴定及药敏试验，此方法是确认淋病奈瑟菌感染的经典方法，也是目前确定敏感药物治疗淋病奈瑟菌感染的标准方法。
3.核酸检测：即核酸杂交技术，即将待检样本中的DNA与已知的淋球菌基因组探针进行分子杂交反应，如出现阳性条带提示存在淋球菌感染。另外还可以采用实时荧光定量PCR的方法来检测淋球菌的DNA，这种方法灵敏度高，能早期诊断淋球菌感染。
以上几种方法均可用于慢性淋病的确诊，但由于淋球菌易被溶胞素破坏，故而直接涂片镜检的应用价值较低。临床上对于慢性淋病的处理原则是及时、足量、规则用药，常用头孢曲松钠、大观霉素等注射用抗生素进行抗感染治疗，同时建议配偶以及家人一同接受筛查和诊治。
