精子畸形率高可能与不良生活习惯、疾病因素、环境因素等有关，单纯药物治疗较难治愈精子畸形，但部分药物对精子畸形症有一定的治疗效果。临床常用的治疗精子畸形症的药物有抗氧化剂、生长激素、5-羟色胺再摄取抑制剂、5α-还原酶抑制剂、磷脂酸酶抑制剂、中药等，可在医生指导下使用。
1、抗氧化剂：长期服用某些抗氧化剂，如维生素E、左卡尼汀、还原型谷胱甘肽等，可导致精子异常形态增加，但通常停药后可恢复正常;
2、生长激素：对于内分泌异常或睾丸发育不良的患者，可适当在医生指导下使用生长激素;
3、5-羟色胺再摄取抑制剂：如盐酸曲唑酮、盐酸氟西汀等，可明显改善精子畸形率;
4、5-羟色胺再摄取抑制剂：如氯米芬、来曲唑等，能够促进精子生成，提高精子浓度;
5、5α-还原酶抑制剂：如阿伐那非、他达拉非等，能够促进精子细胞分裂，改善精子畸形率;
6、磷脂酸酶抑制剂：如左卡尼汀，具有抗氧化作用，可抑制氧自由基对精子的损伤，保护线粒体内膜，提高精子活力;
7、中药：如五子衍宗丸、复方玄驹胶囊等，需遵医嘱使用。
除了应用药物来治疗精子畸形症外，还可通过手术来治疗。如精索静脉曲张的患者可进行高位结扎手术，或腹腔镜下精索静脉高位结扎术。若患者伴有生殖道炎症，还应进行抗炎治疗，如遵医嘱使用抗生素。
