支原体和衣原体感染的严重程度需根据具体感染部位和个体免疫状态判断，两者均可引发轻重不一的疾病。衣原体感染可能导致更严重的生殖系统并发症，而支原体感染多表现为呼吸道或泌尿生殖道症状。
衣原体感染中，沙眼衣原体引起的性传播疾病如盆腔炎、输卵管粘连等可能造成不孕或宫外孕，新生儿经产道感染还可引发结膜炎或肺炎。肺炎衣原体则可能导致社区获得性肺炎，但多数预后良好。衣原体感染常呈隐匿性发展，症状轻微但组织损伤持续累积。
支原体感染以肺炎支原体最常见，儿童和青少年易感，表现为顽固性干咳、低热等非典型肺炎症状，病程较长但极少危及生命。生殖支原体可能引起尿道炎、前列腺炎，与不孕症存在一定关联，但致病性通常弱于衣原体。免疫功能低下者可能出现更严重的播散性感染。
无论感染何种病原体，出现持续发热、排尿疼痛、异常分泌物或盆腔疼痛时应及时就医。规范使用抗生素可有效治疗，但需避免自行用药导致耐药性。日常应注意性行为防护、勤洗手、加强锻炼以预防感染，高危人群建议定期筛查。
