①基因学说：某些子宫内膜异位症患者在其家属中同病的发生率较一般妇女为多，因而推测可能有遗传基因的存在。
②淋巴及静脉播散学说：在盆腔静脉或淋巴结中发现子宫内膜组织存在支持该论点并认为远离盆腔部位的器官如肺、手、大腿的皮肤和肌肉发生的子宫内膜异位可能是淋巴或静脉播散的结果。
③Koninckx等学说：最近Koninckx等提出在于宫内膜异位症患者中常合并黄素化未破裂卵泡综合征。由于LUFS，卵泡未破裂腹水内雌、孕激素的浓度低，有利于子宫内膜细胞种植而易发生子宫内膜异位症此学说尚待进一步证实。
④体腔上皮化生学说：女性生殖系统上皮卵巢生殖上皮及盆腔腹膜胸膜均起源于体腔上皮，当受到炎症、创伤雌激素过高等因素的影响时，或体腔上皮，反复受经血激素或慢性炎症的刺激可以化生为子宫内膜样组织，形成子宫内膜异位症。80%的子宫内膜异位症发生在卵巢与卵巢生发上皮的化生潜能有关。但目前很多学者认为腹膜刺激合并子宫内膜异位症是果而不是因，而且腹膜刺激都发生在异位灶以外的部位。
⑤下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常说：下丘脑-垂体功能异常主要表现在患者有过多LH分泌无周期性改变及LH峰出，而FSH的分泌正常或稍低，从而LH/FSH比值增加LH直接作用于卵巢的卵泡膜细胞，通过增加细胞内支链裂解P450c17a的活性，使卵巢内卵泡膜细胞产生过多雄激素临床上很多卵巢囊肿患者和多囊卵巢综合征患者的基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果。
