阴茎上长肉芽跟菜花状，可能与尖锐湿疣、生殖器疱疹、梅毒、软下疳等疾病有关。建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。
1、尖锐湿疣：通常是由于不洁性生活导致人乳头瘤病毒感染所引起，会导致局部出现赘生物，表现为菜花状或鸡冠状，并且会伴有异物感以及疼痛等症状。确诊后可以遵医嘱使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等药物进行治疗；
2、生殖器疱疹：主要是由于单纯疱疹病毒感染所引起，会导致阴茎部位出现水疱，并且还会伴有瘙痒以及疼痛等症状，水疱破溃以后可能会形成溃疡，从而导致阴茎上长肉芽跟菜花状。确诊后可以遵医嘱服用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等抗病毒药物进行治疗；
3、梅毒：是由于梅毒螺旋体感染所引起的疾病，属于一种传染性疾病，主要通过性接触传播或者是母婴传播，会导致阴茎部位出现硬下疳，表现为圆形或者是椭圆形的溃疡，并且会伴有明显的疼痛感。确诊后可以遵医嘱服用青霉素类药物进行治疗，比如注射用苄星青霉素、注射用普鲁卡因青霉素等；
4、软下疳：是由杜克雷嗜血杆菌感染所引起的疾病，也会导致阴茎部位出现菜花状的肉芽，并且会伴有明显的疼痛感以及肿胀感。确诊后可以遵医嘱外用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物进行治疗。
还可能是阴虱病所致。如果症状持续未见好转，则建议及时前往医院男科就诊，并遵医嘱完善视诊、皮肤镜检查等明确诊断。
