阴茎上有菜花状小肉芽，可能是尖锐湿疣、珍珠状阴茎丘疹、皮脂腺异位症、假性湿疣等原因导致。建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。
1、尖锐湿疣：如果患者有不洁的性生活，可能会感染人乳头瘤病毒，从而诱发尖锐湿疣，导致阴茎上出现菜花状的小肉芽，并伴有瘙痒、疼痛等症状。患者可以在医生的指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗；
2、珍珠状阴茎丘疹：可能与包皮过长有关，会导致龟头冠状沟处出现珍珠状、半透明的小丘疹，表现为菜花状的小肉芽，并伴有轻度红肿以及疼痛的症状。一般不需要特殊治疗，如果影响美观，也可以通过激光手术去除；
3、皮脂腺异位症：通常是由于局部刺激或者内分泌失调引起，会导致皮肤表面出现淡红色或肤色的小丘疹，并且会呈菜花状分布，用手触摸时会有颗粒感。一般不需要特殊治疗，如果感觉影响美观，可以通过液氮冷冻的方式去除；
4、假性湿疣：多考虑是慢性炎症刺激引起的病变表现，会导致阴茎部位出现淡红色或白色的丘疹，并且呈簇集状排列。如果没有其他不适症状，通常不需要特殊治疗。如果觉得影响美观，可以遵医嘱使用氟尿嘧啶软膏涂抹。
梅毒也可能会导致上述情况的发生。建议患者及时前往医院男科就诊，在医生的指导下完善体格检查、血常规检查等明确诊断。
