长期分居可能对性功能、性欲和情感亲密关系产生负面影响，但也存在个体差异和适应性调整的可能。
长期分居可能导致性功能减退或障碍。缺乏规律性生活会使男性阴茎勃起功能适应性下降，可能出现勃起硬度不足或维持困难。女性可能出现阴道湿润度降低、性唤起延迟等问题。生理上性器官长期未受刺激可能引起局部血液循环减缓，男性睾丸激素分泌可能减少，女性雌激素水平也可能波动。这些变化通常是可逆的，恢复规律性生活后功能多能逐步改善。
部分分居伴侣能通过自我调节维持较好性状态。定期见面时的性生活质量可能更高，产生"小别胜新婚"效应。有些人会通过自慰保持性器官功能活跃，或利用现代通讯工具维持远程亲密。个体适应性差异较大，与年龄、健康状况、心理承受力等因素相关。情感基础牢固的伴侣，性方面受影响程度可能较轻。
建议分居伴侣保持适度沟通，可通过视频等方式维持情感连接。规律锻炼有助于维持性功能，深蹲、凯格尔运动等能增强盆底肌群。饮食上注意补充锌、维生素E等营养素。短期分居重逢时可营造氛围缓解紧张，避免给自己和伴侣施加压力。若出现持续功能障碍，应及时就医排除器质性疾病。
